Originaire de Bordeaux, Johanne Favre-Engel y débute ses études musicales, avant d’aller étudier au CRR de Paris. Elle s’oriente dans la pratique des flûtes historiques à la Haute Ecole de Musique de Genève où elle obtient un Master of Arts avec distinction.

Sa polyvalence et son ouverture à tous les styles musicaux lui valent d’être invitée dans des orchestres de renommée internationale tant sur instruments historiques (Insula Orchestra, Collegium 1704, Orchestre des Champs-Elysées, les Siècles) que sur instruments modernes (Orchestre Philharmonique du Maroc, les Dissonances, Orchestre National d’Auvergne, Orchestre Colonne) ou en musique de chambre; directrice artistique du Quatuor Eolia invité plusieurs fois sur France Musique, et de l’Ensemble baroque le Damier, elle partage son expérience d’interprète avec l'enseignement.

Titulaire du CA, elle enseigne les flûtes historiques et moderne aux Conservatoires de Paris 9 & 6 et au CRR d'Amiens; elle forme également les futurs professeurs en formation au CNSM de Paris et en Pôles Supérieurs lors de stages et de cours de didactique spécialisée.

Elle anime régulièrement des concerts-conférences à la Philharmonie de Paris sur sa collection privée d’une trentaine de flûtes historiques, et enregistre également les instruments des collections des musées.

Ses ouvrages pédagogiques sont publiés aux éditions Billaudot.